多马（皆川纯子 配音）是生活在岛屿上的平凡的少年，吉德（小林希唯 配音）是自幼生长在孤儿院中的孤苦少年，两端看似一生都不会有交集的命运，却被一个名叫海尔嘉（河原木志穗 配音）的少女联系在了一起。为了遵循少女的愿望，两个少年…

《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。

天才少年科學者「九十九科學」把『對地球和善的月旅行』做為題目，不使用火箭發動機等的化石燃料，使用物理法則和科學理論以月打算作為目標。為了實現這個『誇大妄想』是美少女型衛星robo「菊8號」和4人的美少女們以月作為目標的。

位于东京惠比寿的设计公司——YebisuGraphics，里面的人，不论长相，才能全都是一级棒！而进入这间公司打工的藤波，虽然被公司的老板—大城崇玩弄，却又忍不住被吸引……？

来自宇宙中的Bratcher星的拥有黑暗能量的三人组到达了地球，将能量附身于蒸汽机车上从而获得了拥有自我意识且可以变身的机械生命体，其为了实现“将世界笼罩在一片黑暗之中”的目的，决定首先以日本地区为中心展开他们的黑暗大…