主角是一个名叫司三四郎的男孩,那个“笔记本”是电脑控制器,是专门控制柔王丸的内部机体的,这部电脑里也有一个位置是放柔王丸的,后来柔王丸有思想和自主能力了,就不放这里面了。姿3四郎，姿家武馆的传人，但他不潜心钻研柔道而对数码金刚…

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後…