《少年忍师》讲述的是一个充满青春热血、奇幻武侠，侠客忍术等多种元素的故事：明朝年间，民间有一批行踪诡谲的神秘武士，他们背后是庞大的忍宗室家族；世事变迁，这群神秘武士又突然销声匿迹，而围绕忍宗室传承400年的神秘法器“寺魂瓶…

摄影家刘飞凡在一次意外中失忆忘记了自己的女朋友，后来拍照时被女朋友误会，好兄弟卓远带他去看病，与秦升，李佳等人一起最终治好了刘飞凡的失忆，卓远与吴昕也成功走在一起最后刘飞凡从梦中醒来。